Durante el año de 1934, entra en vigor la Ley de Coordinación y cooperación de servicios de salubridad, misma que impulsa la creación de organismos públicos desconcentrados denominados “Servicios coordinados de Salud Pública en el Estado”
El 17 de Octubre de 1943, se expide el Decreto por parte del Gobierno Federal, mediante el cual se crea la Secretaría de Salubridad y Asistencia; incrementándose en forme notable la coordinación de acciones entre la Federación y los Estados.
Para 1972, se firma el convenio de coordinación entre el Gobierno del Estado de Baja California y la Federación mediante el cual se crea el organismo dependiente de la Secretaría de Salubridad y Asistencia denominado; “Servicios Coordinados de Salud Pública en el Estado de Baja California” con la finalidad de ejercer funciones de salubridad general y asistencia pública, bajo una sola dirección técnico-administrativa y en una estrecha coordinación con el Gobierno del Estado.
A inicios de la década de los ochentas, es elevado a rango constitucional el derecho a la protección de la salud, con carácter de garantía social establecida en el artículo cuarto de la Constitución Política de los Estados Unidos Mexicanos.
El 23 de Junio de 1983 se publica el acuerdo que establece las normas para la modernización administrativa, mismo que sienta las bases para la reorganización de las unidades administrativas de la Secretaría de Salubridad y Asistencia, comprendiendo aspectos de; sectorización, desconcentración y descentralización de la Administración Pública Federal.
El 30 de agosto de 1983, el Ejecutivo Federal decreta las bases del Programa de Descentralización de los Servicios de Salud de la Secretaría de Salubridad y Asistencia.
En octubre de 1986 se decreta la Ley Estatal de Salud del Estado de Baja California.
Durante el periodo de 1990 a 1994 entra en vigor el Programa Nacional de Salud, mismo que se pronuncia porque la salud no sea un medio útil por si mismo, sino un fin a lograr para contribuir al desarrollo socioeconómico del país, fomentando la salud, previniendo enfermedades, rehabilitando a quienes como consecuencia de enfermedades, accidentes o desastres presenten incapacidad física o mental.
El 25 de Septiembre de 1996, se publica en el Diario Oficial el Acuerdo Nacional para la Descentralización de los Servicios de Salud, mientras que en el Estado de Baja California inicia sus operaciones la Unidad de Descentralización Administrativa (UDE) con funciones de asesoría y enlace en materia administrativa y técnica entre
el Estado y la Federación.
En esa fecha los Servicios Coordinados se encontraban estructuralmente integrados con el área de Servicios de Salud; que a su vez contaba con 5 departamentos enfocados a la prevención y fomento de programas de salud, incluyendo el desarrollo de acciones de regulación de los servicios de salud del ámbito público y privado. El área de Regulación Sanitaria; que se estructuraba con tres departamentos orientados al control sanitario de bienes, insumos, servicios, salud ambiental y además realizaba funciones de enseñanza en salud.
El área administrativa se integraba con 5 departamentos incluyendo el de programación y presupuesto, además la estructura de los servicios coordinados de salud contaba con 3 departamentos de apoyo; planeación, información y estadística, y el área de asuntos jurídicos respectivamente.
Del titular de los Servicios Coordinados también dependían los tres hospitales regionales, el hospital estatal y las tres jurisdicciones sanitarias, así como el Centro de Hemoterapia.
Es el 15 de diciembre de 1997, cuando se expide el decreto de creación del organismo público descentralizado del Gobierno del Estado, denominado Instituto de Servicios de Salud Pública del Estado de Baja California (ISESALUD), adoptando autonomía en cuanto al manejo de los recursos y forma de organización sin desviar los objetivos de proporcionar servicios de salud a toda la población que los requiera.
La estructura organizacional adoptada por el ISESALUD para el cumplimiento efectivo de sus objetivos institucionales se reflejo con el fortalecimiento y reestructuración de las áreas sustantivas y de apoyo;
Las áreas de Servicios de Salud, Regulación Sanitaria y de Administración se elevaron al rango de dirección sufriendo algunas reestructuras internas, asimismo se crearon las direcciones de Planeación y Finanzas e Informática. A nivel staff se elevó a rango de unidad el departamento de asuntos jurídicos, el departamento de planeación se integro a la dirección de Planeación y Finanzas, y se creó la contraloría interna y el departamento de comunicación social.
El Hospital Estatal cambio de denominación a Hospital Mexicali y el Centro de Hemoterapia se fortaleció y se dominó Centro Estatal de Transfusión Sanguínea que al igual que los Hospitales y Centros de salud pasaron a formar parte de las jurisdicciones sanitarias, mismas que en términos organizacionales se ubican como unidades desconcentradas del ISESALUD.
El día 30 de enero de 1998, es emitido un Decreto a través del cual se modifica en materia de relación laboral lo contemplado en el Decreto publicado con fecha 15 de diciembre de 1997.
El 17 de abril de 1998, se expide un nuevo Decreto sobre las relaciones laborales de los trabajadores transferidos de la Federación al Estado y adscritos al Instituto de Servicios de Salud Pública (ISESALUD) del Estado de Baja California.
Así la descentralización administrativa, es considerada como una estrategia fundamental de la reforma del sector salud, manejando y operando los servicios de salud de acuerdo a su ámbito de competencia, administrando directamente los recursos financieros, materiales y humanos con la posibilidad de distribuirlos de acuerdo a las necesidades y prioridades estatales en materia de salud.
